Obwohl man zunächst davon ausging, dass McG verpflichtet wurde, um Attanasios Drehbuch umzusetzen, holte man im Februar 2002 J. J. Abrams mit ins Boot, um ein neues Script zu schreiben. Die Geschichte von Supermans Tod sollte dabei ignoriert werden. Stattdessen wollte man die Geschichte des Kryptoniers von Beginn an neu erzählen und verpasste dem Projekt den Titel Superman: Flyby. Warner Bros. gab grünes Licht, doch McG verließ das Projekt, um stattdessen 3 Engel für Charlie - Volle Power zu drehen. Daraufhin sollte Wolfgang Petersen Abrams' Drehbuch umsetzen, doch bereits im August 2001 trat Andrew Kevin Walker mit einer Idee an Warner Bros. heran, die ebenfalls Petersen als Regisseur vorsah. Dabei sollte es sich um einen Film handeln, der Batman und Superman auf der Leinwand vereint. Akiva Goldsman wurde damit beauftragt, Walkers Entwurf mit dem Codenamen Asylum auszuarbeiten.

Goldsmans Buch sah einen Bruce Wayne vor, der seine Vergangenheit als Batman hinter sich gelassen hat. Clark und Lois haben sich währenddessen scheiden lassen und Clark soll Trauzeuge bei Bruce Waynes Hochzeit mit der schönen und liebevollen Elizabeth werden. Der totgeglaubte Joker tötet Elizabeth in der Hochzeitsnacht und Bruce sieht sich dazu gezwungen, wieder zum "Dunklen Rächer" zu werden. Superman befürchtet, Batman könne Grenzen überschreiten und zu einem Mörder werden. Es kommt zum Kampf zwischen Batman und Superman.

Petersen nannte Matt Damon, um aufzuzeigen, welche Art von Schauspielern er für die beiden Hauptrollen suche. Er wollte Schauspieler, die ihren Rollen "Komplexität und Emotionalität" verleihen konnten. Als Kandidaten für eine der beiden Rollen galten Johnny Depp, Colin Farrell, James Franco, Paul Walker und Josh Hartnett.

Die Dreharbeiten sollten im Frühjahr 2003 beginnen und fünf bis sechs Monate andauern. Als möglichen Kinostart visierte man den Sommer 2004 an. Letztendlich strich Warner Bros. das Projekt, um sich zunächst auf individuelle Batman- und Superman-Filme zu konzentrieren. Doch auch in der Zeit danach äußerte Petersen immer wieder sein Interesse daran, Batman vs. Superman irgendwann in der Zukunft zu drehen.